武定縣衛生健康綜合監督執法局成立于2003年10月，為武定縣衛生防疫站改革后組建，原名武定縣衛生局衛生監督所，自成立以來，單位歷經食品衛生監督職能劃轉、職業衛生監管職能劃入、參照管理單位規范化設置等機構改革工作后，于2022年7月更名為武定縣衛生健康綜合監督執法局，單位內設有辦公室、稽查室、許可管理科、醫療機構監督科、公共衛生監督科。單位核定管理人員編制9名。